Depois que Kyon ativou o protocolo de fuga de emergência, a versão Desaparecida de Nagato esperou pela resposta de Kyon. Um grande erro no plano do tempo levou Asahina a convocar Kyon para consertá-lo. Kyon acabou no mundo alternativo de The Disappearance. Ninguém da Brigada SOS, nem mesmo Nagato, sabia quem ele era. Ele fez amizade com Haruhi fazendo com que ela tocasse em uma banda, ajudou Koizumi e Asahina a ganhar concursos de "beleza" e ajudou na venda do livro de Nagato.
Depois disso, Kyon conseguiu retornar ao mundo normal, mas decidiu voltar um pouco. Ele ajudou a Brigada SOS alternativa a fazer um filme. Então Kyon devolveu o formulário do Clube de Literatura de Nagato com seu nome nele. A Brigada SOS (sem ele) existiria no mundo alternativo, evitando que Nagato ficasse sozinho.
De volta ao seu mundo original na festa nabe, Kyon pediu a Nagato para ir à biblioteca durante o fim de semana. Ela disse que iria pensar sobre isso. No entanto, a visita tornou-se um evento da Brigada. Lá Kyon contou a Nagato sobre seu eu alternativo, referindo-se ao alternativo como outra garota. Nagato disse ter certeza de que a outra pessoa estava feliz, pois “ela mora ali mesmo, na sua memória”.
Suzumiya Haruhi no Tsuisou é um jogo de “aventura errante” para PlayStation 3 e PlayStation Portable, publicado pela Namco Bandai Games. Foi lançado como uma ligação com o filme O Desaparecimento de Haruhi Suzumiya, que se passa logo depois no universo paralelo.