Situado na lua morta de Júpiter, Callisto, no ano de 2320, The Callisto Protocol coloca os jogadores como Jacob Lee, um presidiário da Black Iron Prison. Quando um surto misterioso lança a lua no caos, Jacob deve enfrentar seus medos mais sombrios para derrotar as criaturas sedentas de sangue que o perseguem enquanto ele desvenda os mistérios sombrios no coração da poderosa United Jupiter Company.
Neste jogo de terror de sobrevivência em terceira pessoa, baseado em narrativa, ambientado 300 anos no futuro, o jogador assumirá o papel de Jacob Lee – uma vítima do destino jogada na Black Iron Prison, uma penitenciária de segurança máxima localizada na lua de Júpiter, Calisto. Quando os presos começam a se transformar em criaturas monstruosas, a prisão vira um caos.