O jogo começa quando as tartarugas assistem a um noticiário de televisão de April O''Neil reportando da Ilha da Liberdade. De repente, Krang voa usando seu exosuit gigante e rouba a Estátua da Liberdade. Imediatamente depois disso, Shredder sequestra as ondas de rádio para rir das tartarugas. Eles vão para o centro de Nova York e perseguem o Foot Clan pelas ruas e pelos esgotos da cidade, onde Shredder os envia através de um túnel do tempo. As tartarugas então têm que lutar contra o exército de Shredder através de várias eras para derrotá-lo.
Teenage Mutant Ninja Turtles: Turtles in Time Re-Shelled é um remake aprimorado do jogo de arcade de 1991, Teenage Mutant Ninja Turtles: Turtles in Time, que em si é uma sequência do jogo de arcade original Teenage Mutant Ninja Turtles. Ambos os jogos de arcade originais foram produzidos pela Konami. É um beat ''em up de rolagem lateral, baseado principalmente na série animada de 1987, Teenage Mutant Ninja Turtles Adventures e no segundo filme.
Foi desenvolvido e publicado pela Ubisoft Singapore para PlayStation 3 e Xbox 360. Foi lançado mundialmente em 5 de agosto de 2009 no Xbox Live Arcade e em 10 de setembro de 2009 na PlayStation Network. O jogo foi posteriormente retirado do Xbox Live Marketplace e da PlayStation Store em junho de 2011, devido a uma licença expirada.