À noite, no topo do edifício TCRI, Krang e Shredder se encontram no heliporto do arranha-céu para confirmar que tudo está pronto para sua aliança em direção a um objetivo não especificado. A um gesto de Shredder, centenas de soldados do Foot Clan descem sobre a cidade, iniciando uma onda titânica de crimes que lança a cidade no caos. Em seu covil nas profundezas das ruas, as Tartarugas discutem a onda de crimes com Splinter e April O'Neil, concluindo que eles têm a honra de proteger a cidade e saem para fazer exatamente isso, embora Michelangelo ainda esteja no meio de uma pizza que ele sente-se igualmente 'comprometido pela honra' a terminar.
Enquanto patrulham os telhados, as Tartarugas percebem soldados de infantaria se esgueirando pelo território dos Dragões Roxos e vão para as ruas para investigar a anomalia e eliminar os ninjas rivais. Ao prevenir os crimes do Foot na área, eles reúnem informações suficientes para April deduzir que Bebop está roubando o banco local e confrontar o mutante no cofre com movimentos ninja devastadores e trocadilhos ainda piores. Derrotado, Bebop abre um buraco na parede e foge deixando para trás sua mochila cheia de dinheiro roubado. Leonardo, Raphael e Donatello se perguntam por que Bebop se daria ao trabalho de roubar o local apenas para deixar seu saque para trás. Enquanto isso, Mikey está ocupado tentando tirar vantagem de uma pilha de notas que ele roubou, telefonando para pedir alguns milhares de pizzas e palitos de pão... um pedido que ele tem que cancelar porque as outras Tartarugas claramente não estão achando graça.
Investigando a atividade interrompida do metrô, as Tartarugas descobrem que muitos danos foram causados às caixas de distribuição dos sistemas, desligando linhas inteiras e arriscando futuras colisões. A quantidade de escombros indica força possivelmente baseada em mutantes, em vez de simples armas ninja. Eles descobrem uma estação próxima já fechada e infestada não apenas de ninjas de infantaria, mas também de soldados de rocha da Dimensão X. Depois de completar objetivos suficientes, eles ganham a informação necessária para desligar uma grade de laser e avançar para uma linha ativa, onde devem enfrentar com ondas de Mousers, bem como Rock Soldiers maiores para desligar uma série de bombas e uma grade de laser final antes de avançar para um confronto com Rocksteady em uma estação abandonada. Embora derrotado, o rinoceronte promete às Tartarugas que a destruição até agora é "apenas o começo", usando um trem do metrô que se aproxima para desaparecer nas sombras.
Lute ao lado de seus irmãos pelos esgotos, metrôs e ruas de Nova York para derrubar a organização maligna de Shredder e Krang, Foot by Foot. Liberte habilidades de combate personalizadas e poderosos combos de equipe para salvar Manhattan das esmagadoras forças das trevas que crescem nas sombras.