Mil anos antes dos eventos do jogo, em um continente flutuante pairando bem acima da superfície de um planeta sem nome, uma civilização tecnologicamente avançada procurou aproveitar o poder dos quatro cristais elementares de luz. Eles não perceberam que não podiam controlar tais forças fundamentais da natureza. Este poder de luz teria consumido o próprio mundo se os cristais de luz não tivessem suas contrapartes naturais: os quatro cristais elementais escuros. Perturbados pela súbita interrupção do cuidadoso equilíbrio entre luz e escuridão, quatro guerreiros receberam o poder dos cristais escuros para recapturar o poder dos cristais de luz. Esses chamados Dark Warriors tiveram sucesso em sua busca e restauraram a harmonia no mundo. Mas sua vitória chegou tarde demais para salvar a civilização condenada, cuja cultura foi reduzida à ruína, embora seu continente flutuante permanecesse. Naquele continente, o círculo de Gulgans, uma raça de adivinhos e adivinhos cegos, previu que esses eventos acabariam se repetindo.
Final Fantasy III é um remake e uma revisão completa da versão de 1990 com o mesmo título. Isso permitiu que os jogadores ocidentais finalmente experimentassem o clássico jogo Final Fantasy localizado pela primeira vez. Os gráficos são renderizados em 3D completo e várias mudanças foram implementadas.