Homem-Aranha: Edge of Time é uma continuação de Shattered Dimensions e, da mesma forma, tem mais de um Homem-Aranha no papel principal. Aqui, é o clássico “Incrível” Homem-Aranha e o Homem-Aranha 2099 – em uma história repleta de viagens no tempo, batalhas temporais e Anti-Venom.
A espinha dorsal desta história parece mais uma história do Homem-Aranha 2099, já que ele é o único personagem verdadeiramente ciente dos acontecimentos no jogo e das mudanças que ambos os Homens-Aranha encontram. Desde a abertura, as coisas estão sombrias para Amazing Spider-Man, que começa o jogo quase morto, e 2099 é o único que pode ajudar. Um novo vilão Walker Sloan entra em cena com um plano de reconstruir o passado (a partir do ano de 2099) em sua imagem e design, o que passa a afetar ambos os Homens-Aranha. A partir deste ponto, o caos se desenrola no estilo típico dos quadrinhos, com a jogabilidade dividida igualmente entre Amazing Spider-Man e Spider-Man 2099, com todos os outros níveis entrelaçados com os eventos de um Aranha para o outro.