O jogo se passa quatro anos após o fim de Soulcalibur, o que coloca a história do jogo no ano 1590 DC.
A onda de massacres que aterrorizou a Europa chegou a um fim repentino. O cavaleiro de armadura azul, Nightmare, e seus seguidores conseguiram coletar almas suficientes e estavam prestes a iniciar a cerimônia de restauração nas ruínas do outrora orgulhoso Castelo de Osthreinsburg. Mas quando a cerimônia estava prestes a começar, três jovens guerreiros atacaram o castelo. Em questão de tempo o culto foi derrotado e Nightmare ficou na frente dos jovens guerreiros empunhando Soul Edge. Depois de uma batalha intensa, Nightmare caiu, mas então a alma maligna dentro de Soul Edge enviou os jovens guerreiros para um vórtice de fogo do inferno e se levantou para enfrentá-los. Como resultado da aura maligna de Soul Edge, Krita-Yuga revelou sua verdadeira forma: a da Espada Sagrada, Soul Calibur.
A intensa batalha terminou com a vitória da espada sagrada, mas com o colapso do vórtice do Inferno, ambas as espadas junto com o Pesadelo do Cavaleiro Azure foram sugadas pelo vazio e expelidas em outro lugar. Siegfried Schtauffen, que esteve até um momento antes do Cavaleiro Azul, recuperou sua própria mente. Reconhecendo seus pecados, ele iniciou uma jornada de expiação. Ainda assim, a lâmina mantinha um vínculo forte e todas as noites assumia o controle do corpo e levava as almas das pessoas próximas. Os esforços feitos pelo jovem cavaleiro foram infrutíferos e quatro anos depois o Cavaleiro Azul voltou.
Naquela época, vários guerreiros entraram em contato com os fragmentos restantes da lâmina, revelando a sobrevivência final do Soul Edge. Após sua derrota, os fragmentos começaram a causar o caos e o mal no mundo. Determinados a possuir ou destruir a espada do mal, cada guerreiro embarca em uma nova jornada, enquanto Nightmare inicia sua fúria novamente, buscando almas para ganhar o poder de restaurar Soul Edge mais uma vez...
Soulcalibur II HD Online reimagina o amado título adicionando suporte multijogador online ao título, bem como gráficos vibrantes atualizados para aproveitar as vantagens das modernas TVs de alta definição. Pela primeira vez, os jogadores poderão enfrentar adversários de todo o mundo com seus personagens favoritos de Soulcalibur II, como Ivy, Taki, Mitsurugi, Talim, Maxi e muito mais.