Após os eventos do Episódio I, Little Planet retorna, e Dr. Eggman localiza e repara Metal Sonic. Sonic ouve que Eggman está de volta e se reúne com Tails para detê-lo. Enquanto isso, Metal Sonic procura pelos heróis e os vê voar no Tornado, seguindo-os usando o foguete de Tails.
A saga Sonic 4 continua no Episódio II com o retorno de um chute lateral adorado e dos vilões favoritos dos fãs! Após os eventos do Episódio I, Metal Sonic voltou para formar uma aliança com o Dr. Eggman! Para enfrentar este novo mal, Sonic terá que recorrer a um velho amigo para ajudá-lo a salvar o dia!