Tim é um homem em busca de uma princesa que "foi arrebatada por um monstro horrível e maligno". espera reconciliar ou, se possível, apagar. À medida que avançamos pelos seis mundos em Braid, o texto do enredo no início de cada mundo fornece mais informações sobre a busca de Tim pela princesa e faz alusão à mecânica de jogo abrangente de cada nível. Os temas evocados incluem perdão, desejo e frustração. O nível final, no qual tudo, exceto Tim, se move ao contrário, mostra a princesa escapando de um cavaleiro e trabalhando junto com Tim para superar obstáculos e se encontrar em sua casa. Tim é repentinamente trancado fora de casa e, conforme o tempo avança, revertendo as ações de Tim, os eventos mostram a princesa fugindo de Tim, armando armadilhas das quais ele consegue escapar, até que ela seja resgatada pelo cavaleiro. Tim é revelado como o "monstro" do qual a princesa está fugindo.
Após a conclusão do jogo, o jogador encontra textos adicionais que expandem a história. O final do jogo é propositalmente ambíguo e está sujeito a múltiplas interpretações. Uma teoria, baseada na inclusão de um evento oculto e na famosa citação feita por Kenneth Bainbridge após a detonação da primeira bomba atômica - "Agora somos todos filhos da puta" - é que a princesa representa a bomba atômica e Tim é um cientista envolvido em seu desenvolvimento.[20] Alguns também se referem ao nome do jogo tanto como referência à trança de cabelo da princesa que Tim procura quanto ao entrelaçamento do tempo, demonstrado pelas várias mecânicas do tempo exploradas no jogo. Os jornalistas consideraram a trama de Braid entrelaçada com o próprio jogo, assim como o livro Dictionary of the Khazars e os filmes Memento e Eternal Sunshine of the Spotless Mind entrelaçam a narrativa na construção da obra. Nesse sentido, alguns consideraram que o jogo carregava um credo simples, como "Você deve olhar para trás para seguir em frente", conforme sugerido por Dan Whitehead da Eurogamer. Outros compararam Braid ao punk rock, projetado (como explicitamente declarado por Blow) especificamente como uma declaração contra o status quo da indústria; é considerado para desconstruir conceitos de jogabilidade tradicionais, como pular sobre inimigos ou resgatar uma princesa de um castelo emprestado de Super Mario Bros., e reconstruí-los no jogo para forçar o jogador a repensar o design de jogo atual. Blow afirmou que há mais de uma interpretação da história; ele "não seria capaz" de explicar toda a história do jogo em palavras, e disse que a ideia central é "algo grande e sutil e resiste a ser olhado diretamente". Blow considerou Braid "sobre a jornada, não o destino". Ele deliberadamente projetou o enredo para não ser totalmente revelado ao jogador, a menos que ele concluísse o jogo, vendo-o como uma forma de fornecer "um desafio de longo prazo".
Braid é um jogo de plataforma e quebra-cabeça, desenhado em estilo de pintura, onde você pode manipular o fluxo do tempo de maneiras estranhas e incomuns. De uma casa na cidade, viaje para uma série de mundos e resolva quebra-cabeças para resgatar uma princesa sequestrada. Em cada mundo, você tem um poder diferente para afetar a maneira como o tempo se comporta, e é a estranheza do tempo que cria os quebra-cabeças. Os comportamentos de tempo incluem: a capacidade de retroceder, objetos imunes a serem rebobinados, tempo vinculado ao espaço, realidades paralelas, dilatação do tempo e talvez mais.
Braid trata seu tempo e atenção como preciosos; não há enchimento neste jogo. Cada quebra-cabeça mostra algo novo e interessante sobre o mundo do jogo.