Ao saber de uma arma secreta no diário de seu falecido avô, o professor Gerald Robotnik, Eggman se infiltra em uma unidade de alta segurança da G.U.N. instalação e a revive usando uma Esmeralda do Caos. A arma - um ouriço preto e autoproclamado "Forma de Vida Suprema" chamado Shadow - se oferece para ajudar Eggman a conquistar o mundo, dizendo-lhe para se encontrar em uma colônia espacial abandonada, ARK, com mais Esmeraldas do Caos. Shadow vai para Central City, encontrando as forças do G.U.N. após roubar uma esmeralda. Shadow prometeu cumprir uma promessa a uma garota, Maria, que ele interpreta como uma promessa de vingança. Shadow explode através da força militar e encontra Sonic. Após um breve confronto, Shadow escapa e G.U.N. captura Sonic, a quem eles confundem com Shadow.
Enquanto isso, Knuckles encontra Rouge e Eggman, que tentam roubar a Master Emerald. Ele os impede quebrando a Esmeralda e procura pelos cacos espalhados. Rouge, espionando para o governo, dirige-se à base de Eggman e ao ARK. Lá, Shadow mostra a Eggman o Canhão Eclipse, outra super arma criada por Gerald, e revela seu plano: carregar o canhão com Esmeraldas do Caos e usá-lo para dominar o mundo. Rouge aparece, oferecendo-lhes uma Esmeralda do Caos para ganhar sua confiança.
Sonic Adventure 2, embora tenha o mesmo nome, é na verdade uma remasterização do Sonic Adventure 2 original, com gráficos atualizados e os recursos de Sonic Adventure 2: Battle.