Submerged é um jogo sem combate em terceira pessoa no qual você explora uma misteriosa cidade inundada e descobre a beleza da desolação em vastos ambientes ao ar livre. Você assume o papel de Miku, uma jovem que trouxe seu irmão ferido para a cidade em seu pequeno barco de pesca. Navegue pelas ruas inundadas da cidade de barco, escale os prédios afogados e use seu telescópio para vasculhar a cidade em busca dos suprimentos necessários para salvar seu irmão moribundo. Ao explorar a cidade no seu próprio ritmo, você encontra o habitat que floresce neste lugar colorido e descobre objetos escondidos que juntam a história de um mundo destruído e uma família destruída.