No jogo, os jogadores assumem o papel de vários personagens em diferentes missões. Entre eles estão um atirador, o sargento Tyler "Razor Six-Four" Wells, para missões de longo alcance e missões furtivas, um operador da Força Delta, o soldado Cole Anderson, bem como um rebelde, El Tejon, para missões que envolvem tiroteios diretos. A trama principal gira em torno de uma unidade de operações especiais altamente treinada que é enviada ao país fictício de Isla Trueno, cujo governo democrático foi derrubado por uma força hostil.
O agente disfarçado da CIA Mike Rodriguez se infiltra na comitiva do General Vasquez para preparar um ataque para a equipe de atiradores de elite Alpha Nine. Matar o general poria fim ao regime da Isla Trueno. Durante a tentativa de assassinato, o Agente Rodriguez é comprometido e capturado, e o General Vasquez escapa. Após uma série de missões, a equipe de assalto Delta Three, apoiada pela unidade de atiradores Razor Six Four, consegue libertar o Agente Rodriguez de um acampamento inimigo.
Com Vasquez à solta, Delta Três e Razor Seis-Quatro são enviados para organizar um ataque aéreo a uma plantação de cocaína. Após a destruição bem-sucedida da plantação, o helicóptero de evacuação é atacado e precisa partir. Razor Six Four percorre o território inimigo para chegar ao novo ponto de evacuação de onde foi extraído.
O Agente Rodriguez se une ao Sargento Tyler Wells para roubar planos de uma ogiva nuclear de um campo inimigo. A missão é um sucesso, mas o Agente Rodriguez revela-se um traidor. Ele pega os dados e deixa o Sargento Wells ser baleado pelo inimigo. Um líder rebelde chamado El Tejon resgata o sargento Wells, que então rastreia Rodriguez, o mata e recupera os dados.
Como os arquivos de dados estão incompletos, a equipe de observadores de atiradores Alpha Nine rouba o resto dos dados do inimigo. Juntamente com Razor Six Four, Alpha Nine elimina Ernesto Salazar, conselheiro do General Vasquez. A descriptografia dos dados roubados revela a localização de uma mina secreta de urânio na Isla Trueno. Delta Três e Razor Seis-Quatro entram nas instalações da mina em um caminhão inimigo, libertam os trabalhadores civis e destroem o complexo. Para dissolver completamente o regime agora enfraquecido, é feita uma segunda tentativa para matar o General Vasquez. Razor Six-Four completa a tarefa com sucesso e o jogo termina no momento em que Vasquez é atingido pela bala.
O jogo é um jogo de tiro tático jogado na perspectiva de primeira pessoa. Como o título sugere, grande parte do jogo consiste em ação furtiva, vigilância de alvos e disparo de rifles de precisão. As trajetórias das balas estão sujeitas ao vento, à gravidade e ao tempo de voo, fatores que os jogadores devem levar em consideração ao disparar. Para simplificar este procedimento, configurações de dificuldade mais fáceis contêm indicadores que destacam os inimigos e mostram precisamente onde uma bala irá atingir.
As principais armas utilizadas no jogo são pistolas com silenciador, facas e vários tipos de rifles de precisão. Em missões jogadas com personagens que não são atiradores de elite, o aspecto furtivo é abandonado em favor de cenários de "correr e atirar" em ritmo mais rápido. Uma exceção a isso são as missões de localização, nas quais o objetivo principal consiste em marcar alvos para um personagem atirador controlado por computador.
A maior parte do jogo se passa em um ambiente de selva densa. As sobreposições de pontos de referência sempre exibem as rotas corretas através das áreas que os jogadores devem atravessar. Embora essas rotas não precisem ser seguidas exatamente, o design de nível geralmente garante um caminho linear geral devido à colocação de obstáculos e paredes invisíveis. Muitos pontos de referência acionam eventos de missão com script, e alguns pontos de referência atuam como pontos de verificação, que salvam automaticamente o jogo.
A campanha para um jogador de Sniper: Ghost Warrior é composta de quatro atos separados, cada um dos quais lida com um conflito diferente. Todos os atos são divididos em várias missões, que geralmente retratam o mesmo evento sob diferentes pontos de vista. Por exemplo, em um segmento, os jogadores podem participar de um ataque de infantaria a um acampamento inimigo, enquanto no segmento seguinte eles assumem o papel de um atirador de apoio que apoia o ataque. Há conteúdo para download disponível para o título que continua perfeitamente o enredo com três missões de campanha adicionais.