Saint Seiya: Sanctuary Battle mergulha os jogadores no drama mais popular de Saint Seiya: o Santuário, enquanto Seiya e seus companheiros lutam lado a lado para derrotar os cavaleiros de ouro dos doze palácios e proteger Atena. À medida que os jogadores completam missões e progridem através dos doze níveis, eles podem infligir danos tremendos aos seus inimigos com ataques rápidos de power-up do Cosmo.