Não para os fracos de coração, Bot Gaiden é toda a execução de ação e velocidade. Os robôs ninja Robyu e Bytron correm para recuperar os crânios de poder que foram roubados por cada um dos 6 Hench-bots de Giorqio. Fatiando tudo em seu caminho, eles devem chegar ao seu destino rapidamente. Os Hench-bots ficam mais fortes com o tempo e a exposição aos crânios.
O tempo de conclusão do estágio afeta a saúde e as recompensas do chefe! A cada 15 segundos, o Golden Skull irá encher uma bateria. Se você ainda não alcançou o Henchbot (chefe), isso será adicionado à saúde dele. Depois de derrotá-lo, qualquer energia restante é convertida em baterias que você pode gastar em atualizações (que ajudam você a ir mais rápido)!