Três meses após os acontecimentos de Resident Evil 2, Claire Redfield ainda procura por seu irmão Chris. Ela se infiltra na sede da Umbrella Corporation em Paris, onde é capturada e nocauteada. Quando ela acorda, ela se encontra em uma prisão em uma ilha remota. Libertada por um guarda amigo, Claire enfrenta vários problemas. Não só a ilha está sob ataque de um agressor desconhecido, mas também houve outro surto do T-Virus e a ilha está repleta de zumbis e outras criaturas mutantes. Claire não só terá que enfrentar os mortos-vivos, mas também o comandante da base, um aristocrata maluco com laços familiares com as origens da Umbrella Corporation e do T-Virus. E escapar da ilha é apenas o começo das provações de Claire.
Resident Evil Code: Veronica X é uma versão do jogo original com conteúdo adicional composto por gráficos aprimorados junto com nove minutos extras de cenas. O personagem Steve teve seu penteado mudado para ter uma franja perceptível, e não mostra mais a testa com orgulho. Essa alteração foi feita em todas as cenas que o apresentam, bem como na fotografia de família que ele carrega consigo. Tirando essas mudanças, o jogo é quase igual ao original.