Nos anos anteriores ao encontro com Shrek e Burro em Shrek 2, o Gato de Botas deve limpar seu nome de todas as acusações contra ele que o tornaram um fugitivo procurado. Enquanto Puss tenta roubar feijões mágicos dos infames criminosos Jack e Jill, o herói cruza o caminho de sua contraparte feminina, Kitty Softpaws, que o leva até seu velho amigo que se tornou inimigo, Humpty Dumpty. Memórias de amizade e traição aumentam as dúvidas de Gato, mas ele finalmente concorda em ajudar o ovo a conseguir os feijões mágicos. Juntos, os três planejam roubar os feijões mágicos, viajar até o castelo do Gigante, roubar a galinha dos ovos de ouro e limpar o nome do Gato.