Situado sete anos após os acontecimentos de Prince of Persia: The Sands of Time, o Príncipe é constantemente caçado por uma terrível fera conhecida como Dahaka. O Príncipe procura o conselho de um velho sábio que explica que quem libertar as Areias do Tempo deve morrer. Como o Príncipe escapou de seu destino, é missão do Dahaka como guardião da Linha do Tempo garantir que ele morra como deveria. O velho também conta sobre a Ilha do Tempo, onde a Imperatriz do Tempo criou as Areias pela primeira vez. O Príncipe navega para a Ilha na tentativa de impedir que as Areias sejam criadas, um ato que ele acredita que irá apaziguar os Dahaka. Depois de uma batalha no mar com uma força inimiga liderada por uma misteriosa mulher vestida de preto virar o navio do Príncipe, o Príncipe desembarca inconscientemente na Ilha do Tempo.
Mais tarde, ele acorda e persegue a mulher de preto através da fortaleza da Imperatriz do Tempo até um portal que transporta os dois para o passado. O Príncipe salva uma mulher chamada Kaileena de ser morta pela mulher de preto, cujo nome é Shahdee. Incapaz de conceder ao Príncipe uma audiência com a Imperatriz do Tempo, que está ocupada se preparando para criar as Areias, Kaileena diz a ele como destrancar a porta da sala do trono onde a Imperatriz reside. O Príncipe atravessa a fortaleza, utilizando os portais de areia para viajar entre o passado e o presente, e escapa por pouco de vários encontros com os Dahaka, que ele descobre que não consegue passar pela água. O Príncipe aciona os mecanismos das duas torres da fortaleza - a Torre do Jardim e a Torre Mecânica - que funcionam como fechaduras da porta. Ele retorna à sala do trono apenas para descobrir que Kaileena é na verdade a própria Imperatriz do Tempo, que previu na Linha do Tempo que o Príncipe irá matá-la e que decidiu tentar desafiar seu destino, assim como o Príncipe está fazendo. Uma batalha começa e o Príncipe sai vitorioso; ele mata Kaileena e retorna ao presente. O que está por vir é a reviravolta mais dramática na vida do Príncipe, e ele começa a acreditar no padre que lhe disse: "Você não pode mudar seu destino! Ninguém pode.." Mas Prince não vai desistir tão facilmente.
Prince of Persia: Warrior Within é um videogame e sequência de Prince of Persia: The Sands of Time. Ele continua de onde The Sands of Time parou, adicionando novos recursos, especificamente, opções de combate. O Príncipe agora tem a habilidade de empunhar duas armas ao mesmo tempo, bem como a habilidade de roubar as armas de seus inimigos e jogá-las. O repertório de movimentos de combate do Príncipe foi expandido em sequências variadas que permitem aos jogadores atacar os inimigos com mais complexidade do que era possível no jogo anterior. Warrior Within tem um tom mais sombrio do que seu antecessor, adicionando a capacidade do Príncipe de despachar seus inimigos com vários movimentos finais. Além dos poderes de retrocesso, desaceleração e aceleração de The Sands of Time, o Príncipe também tem um novo poder de areia: uma "onda" circular de areia que derruba todos os inimigos ao redor, além de danificá-los.