A história se concentra no protagonista de 16 anos depois que ele é transferido para a Syujin High School em Tóquio, Japão. Ficando com amigos de seus pais, ele conhece o garoto problemático Ryuji Sakamoto, a retraída Ann Takamaki, o estudante de arte Yusuke Kitagawa e uma criatura parecida com um gato, falante e que muda de forma, conhecida como Morgana.
Durante a permanência do protagonista ali, sentindo-se reprimidos pelo ambiente, os cinco formam um grupo conhecido como "Ladrões Fantasmas de Corações", trabalhando juntos para explorar o "Palácio", um castelo criado pelo coração das pessoas, e roubar más intenções de corações dos outros para ajudá-los: durante esta busca, eles enfrentam figuras adultas de autoridade que se opõem a eles, juntamente com um inimigo maior revelado pelas suas atividades.
Persona 5, um JRPG baseado em turnos com elementos de romance visual, segue um estudante do ensino médio com ficha criminal por um crime que não cometeu. Logo ele conhece vários personagens que compartilham destinos semelhantes aos dele e descobre um reino metafísico que permite que ele e seus amigos canalizem suas frustrações reprimidas para se tornarem um grupo de vigilantes que se deleitam com a estética e a rebelião enquanto lutam contra a corrupção.