Bionic Commando Rearmed empresta seu enredo em grande parte da versão do jogo para o Nintendo Entertainment System. De acordo com o lançamento norte-americano dessa versão, as referências ao partido nazista encontradas no título original japonês não são apresentadas em Rearmed. No entanto, como é o caso do original, o chefe final do jogo ainda se parece claramente com Adolf Hitler e é conhecido como "O Líder".
Rearmed gira em torno de duas facções em guerra: a Federação e o Império. Começa com as forças imperiais descobrindo documentos classificados sobre o desenvolvimento de uma arma secreta conhecida como projeto Albatros, originalmente iniciada por uma organização conhecida como Badds, mas nunca concluída. Killt, Generalíssimo das forças do Império, decide concluir o projeto sozinho. Quando a Federação fica sabendo da trama do Império, eles enviam seu herói nacional, Super Joe, para se infiltrar no Império. Durante sua missão, Joe é capturado pelas forças imperiais. A Federação envia um segundo agente chamado Nathan Spencer para resgatar Super Joe e ajudá-lo a completar sua missão.
Spencer percorre várias áreas, eliminando muitos líderes imperiais em seu caminho. À medida que avança, ele encontra novas tecnologias e viaja mais fundo atrás das linhas inimigas. A trama culmina quando Super Joe é resgatado do soldado imperial biônico Gottfried Groeder, e Spencer e Joe decidem destruir o projeto Albatros. Durante a missão, Spencer encontra "O Líder", o chefe ressuscitado das forças imperiais. Spencer derrota o Líder e, junto com Super Joe, destrói os Albatros. O jogo termina com os dois heróis pendurados em um helicóptero, voando enquanto o Albatros explode.
A jogabilidade clássica de rolagem lateral está de volta ao serviço com Bionic Commando Rearmed, um remake do clássico jogo de NES, agora disponível para PC. 20 anos após o lançamento do clássico de 8 bits, Bionic Commando Rearmed recria o mundo do original com uma reformulação visual "2.5D" completa.