A primeira sequência verdadeira do clássico original do Nintendo Entertainment System de 1988, Bionic Commando vê o retorno do Nathan "R.A.D." bionicamente aprimorado. Spencer. O tempo não foi bom para Spencer: cinco anos após sua heróica derrota dos imperiais, ele foi traído pelo governo que jurou servir, preso por crimes que não cometeu e condenado à morte.