Ryu é convocado pela Força de Autodefesa Japonesa para lidar com um grupo terrorista liderado pelo misterioso alquimista, o Regente da Máscara, que pessoalmente queria que o Dragão Ninja viesse. Ao encontrar o alquimista na residência do primeiro-ministro em Londres, ele amaldiçoa o braço direito de Ryu com o Grip of Murder, que prospera em todas as vidas que Ryu tirou, fazendo com que a Espada do Dragão seja absorvida pelo braço de Ryu. Mais tarde, Ryu e Mizuki McCloud, membro do JSDF, observam enquanto o regente exige a rendição imediata das nações do mundo em sete dias, ou enfrentará a aniquilação.
Ninja Gaiden 3 é a primeira entrada principal da série Ninja Gaiden moderna a não ser dirigida pelo ex-chefe do Team Ninja, Tomonobu Itagaki. NG3 apresenta novas mecânicas de jogo, foco em consequências e modos online para 8 jogadores.