Em meio ao brilho das luzes de néon, o avanço tecnológico faz com que os humanos sejam consumidos pela conveniência comercial. Nas sombras, uma guerra entre os Yatagarasu e a Sociedade Fantasma está se formando, Invocadores de Demônios que controlam os poderes sobrenaturais dos “Demônios”.
Existindo no mar secreto de dados da humanidade, uma mente coletiva digital evoluiu para senciência: Aion. Observando a humanidade de longe, Aion calcula que um desastre mundial é iminente e cria dois agentes para combatê-lo: Ringo e Figue.
Juntos, estes agentes de Aion devem investigar e prevenir um efeito borboleta que levará ao fim do mundo.
Soul Hackers 2 se passa no século 21 e se passa durante uma guerra entre os Yagaratsu e a Phantom Society, duas facções opostas de Devil Summoners. A história segue dois seres sobrenaturais “Aion” chamados Ringo e Figue, que descem ao mundo humano desde seu local de nascimento no fluxo de dados de informações, a fim de evitar um evento cataclísmico que eles prevêem que irá condenar a humanidade.