Shantae e as Sete Sereias encontram Shantae e seus amigos de férias em Paradise Island, onde encontram outros Meio-Gênios, e Shantae é convidada para o Festival Meio-Gênio. No entanto, ela logo descobre que as coisas não são o que parecem quando os outros Meio-Gênios são sequestrados. Cabe a Shantae explorar a antiga Cidade Submersa e superar seus labirintos traiçoeiros para resgatar os outros Meio-Gênios e descobrir que eles foram sequestrados. Ao longo do caminho, ela descobre novas habilidades de dança e magia de fusão de transformação instantânea, e luta contra os misteriosos governantes da Cidade Submersa, as Sete Sereias. No entanto, ela também acaba encontrando seu inimigo de longa data, Risky Boots, que procura um tesouro misterioso que supostamente reside sob a ilha.
Anteriormente chamada de Shantae 5, Shantae e as Sete Sereias enviam o herói meio-gênio, que dança o ventre e chicoteia os cabelos, para uma ilha tropical onde Shantae e seus amigos encontram outros aliados meio-gênios, mas logo descobrem que há problemas no paraíso. . À medida que Shantae se envolve nos segredos sinistros da ilha, ela usará novas habilidades de dança e Fusion Magic de transformação instantânea para explorar o mundo não linear e interconectado, onde visitará várias cidades, superará labirintos traiçoeiros e lutará contra chefes covardes. O jogo também apresenta um novo sistema de cartas colecionáveis que dá aos jogadores a liberdade de aumentar os poderes de Shantae de acordo com seu próprio estilo de jogo.