O jogador assume o papel de um shadowrunner que passou por tempos difíceis desde seu último shadowrun em 2050. Um dos companheiros de equipe do jogador nessa missão, Sam Watts, envia uma mensagem de vídeo pré-gravada ao jogador, onde ele revela que ele provavelmente está morto e seu desejo final é que o jogador encontre quem o matou. Ele também anuncia que tem 100.000 neoienes retidos em depósito para o jogador, caso ele leve à justiça o responsável por sua morte. Sabendo que Sam mora em Seattle, o jogador viaja até a cidade para iniciar a investigação.
Ao chegar em Seattle e visitar o necrotério onde o corpo de Sam está sendo examinado, o jogador descobre que Sam é a última vítima do Estripador da Cidade Esmeralda, um serial killer que remove cirurgicamente órgãos de suas vítimas. O Runner logo pede a ajuda de um dos amigos de Sam para ajudar a encontrar o assassino; Jake Armitage, retornando do jogo SNES Shadowrun. Jake logo sai da festa enquanto está sendo caçado por várias gangues e corporações por causa de uma corrida nas sombras não relacionada e deve se esconder, mas ele aponta ao jogador a cena do crime e outras pistas que podem ajudar a desvendar o caso. Logo depois, o jogador conhece Coyote, uma elfa bartender/shadowrunner que está travando uma guerra privada contra os chips "Better-Than-Life" ("BTL") e aqueles que os negociam. Ela também era amiga de Sam; juntos, eles seguem o Estripador enquanto ele comete mais assassinatos em Seattle. Durante a investigação, eles auxiliam os policiais mais cooperativos designados para o caso, bem como os amigos e familiares das vítimas do Estripador (incluindo a irmã de Sam, Jessica Watts), enquanto tentam encontrar e identificar o Estripador.
Sua perseguição eventualmente os leva ao Hospital Psiquiátrico Mercy, onde descobrem que um elfo chamado Silas Forsberg assumiu a identidade do administrador original. Silas tem usado as instalações como fachada para sua operação de extração de órgãos; não apenas no seu papel de Estripador, mas também para obter ganhos financeiros (tanto através da venda de órgãos de vítimas não relacionadas a clínicas de rua, como através da lavagem cerebral em determinados internos do hospital e depois da sua venda como escravas sexuais). Depois de matar Silas, o jogador descobre que foi instruído a cometer os assassinatos do Estripador por outra parte. Eles rapidamente determinam que Jessica Watts encarregou Silas de cometer os crimes, parcialmente com base em uma admissão anterior de que ela havia se afastado de seu irmão. Sam e Jessica viviam uma vida confortável antes do falecimento do pai e, apesar de seus esforços iniciais para viver uma vida decente, ele cedeu à pressão e gastou as economias da família em drogas e álcool. Ele eventualmente se tornou um Shadowrunner para sobreviver e alimentar ainda mais seus hábitos autodestrutivos.
Quando o jogador confronta Jéssica no funeral de Sam, Jéssica revela que ela realmente ordenou a morte de seu irmão e a morte das outras vítimas do Estripador para que sua mãe pudesse ter um funeral adequado. Posteriormente, ela ataca e ordena que seus guarda-costas matem o jogador, Armitage (que saiu brevemente do esconderijo para prestar seus respeitos) e Coyote. Os guarda-costas falham, mas ela e uma misteriosa elfa escapam. Ao examinar os cadáveres, o grupo descobre que Jéssica é membro da Irmandade Universal, que é conhecida como uma organização internacional de espiritismo da nova era que atrai ricos e pobres. Eles também descobrem que a elfa no funeral era Lynne Telestrian; ela não é apenas um membro de alto escalão da Irmandade, mas sua família administra as Indústrias Telestrian. Entre a corporação e, em menor grau, a Irmandade, ela e o resto de seus parentes são extremamente ricos e influentes. Armitage, não querendo ter mais problemas com os poderes constituídos, volta a se esconder depois de descobrir isso.
O jogador e o Coiote rastreiam Jessica até o capítulo da Irmandade perto do Pike's Market. Enquanto Coyote espera do lado de fora, o jogador vigia o prédio e descobre que a Irmandade está fortemente armada e esteve envolvida no desaparecimento de vários indivíduos. Deixando o Coiote entrar no prédio pela entrada de serviço, eles invadem o "santuário interno" das instalações e descobrem que a Irmandade Universal é em si uma fachada para uma colmeia de espíritos de insetos. Os runners também encontram Jéssica novamente, que diz estar bastante ciente da verdadeira natureza da Irmandade. A equipe resgata uma jovem elfa antes de escapar da instalação, descobrindo que eles são incapazes de matar esses espíritos exóticos com suas armas atuais.
A mulher, porém, conecta a equipe com seu namorado, um tecrista chamado Barão Samedi. Sob suas direções, a equipe se infiltra nas Indústrias Telestrian, enquanto trabalhavam no Projeto Aegis; uma arma química capaz de matar espíritos facilmente. A operação não teve sucesso, porém, e o jogador é forçado a se infiltrar na empresa uma segunda vez sozinho para recuperar a única amostra do composto Aegis. O jogador adquire a amostra, mas é capturado ao tentar escapar. Dada a importância e o sigilo atribuído à Aegis, o jogador é levado perante o dono da empresa, James Telestrian.
Aqui o jogador descobre a verdade por trás de Sam Watts e sua irmã; que ambos eram filhos mestiços da linhagem Telestriana, fruto de um caso entre o pai de James e a mãe de Sam. Para evitar que a verdade do caso se tornasse de conhecimento público, o Telestrian sênior pagou generosamente à mãe de Sam e eles "oficialmente" se tornaram filhos de James Watts, outro funcionário das Indústrias Telestrian. Isso é importante porque a jovem que o jogador resgatou da Irmandade é na verdade filha de James. Jessica, que também é revelada como a inseto xamã da colmeia, percebeu a conexão e iria usar a estreita conexão familiar para ajudá-la a fazer a ponte entre um espírito de inseto da Rainha e o mundo real. Também está na mansão o elfo imortal Arlequim, que discute como os espíritos dos insetos precisam habitar corpos de formas de vida sapientes para existir no mundo material, e também afirma que a existência de uma Rainha no mundo real seria desastrosa. Oferecendo-se para ajudar a destruir a colméia, Harlequin se junta ao jogador e sua equipe no ataque final ao capítulo da Irmandade. Telestrian dá ao jogador e a Harlequin uma espingarda capaz de disparar cápsulas cheias do composto Aegis. Antes de partirem, o jogador também descobre que Lynne Telestrian está tão comprometida com a colméia quanto Jessica, se não mais. Sua lealdade à Irmandade a levou a explodir recentemente a fábrica das Indústrias Telestrian que produzia Aegis, não apenas afastando-a de James, mas também deixando a amostra e o protótipo de armas como os únicos artigos restantes do projeto.
A equipe se infiltra na colmeia e abre caminho até o coração do santuário interno. Lá eles descobrem Jessica e Lynne Telestrian em um círculo mágico; desde que a filha de James foi tirada de seu alcance e, portanto, não pode mais se tornar a anfitriã da Rainha, Lynne se ofereceu para ser a anfitriã e eles estão no processo de completar o ritual. A equipe interrompe a convocação ferindo gravemente Jéssica e matando a maioria dos espíritos dos insetos dentro da colmeia, um feito possível graças às armas Aegis. O espírito da rainha abandona Jéssica e o jogador tem a opção de matá-la ou prendê-la. Lynne sobrevive, mas é presa e eventualmente enviada para um hospital psiquiátrico.
O jogo termina com Armitage, Coyote, Harlequin e James Telestrian discutindo as consequências do ataque, com Harlequin refletindo que outros capítulos da Irmandade em todo o mundo também possuem colmeias semelhantes à de Seattle. Tendo resolvido satisfatoriamente as circunstâncias da morte de Sam, o jogador tenta recolher o dinheiro que deixou. A segunda mensagem de Sam parabenizando o jogador pede que ele peça desculpas a Jéssica pelo que ele a fez passar, e que ele nunca teve nenhum dinheiro em depósito, e sugere que o jogador peça às pessoas que ele e sua família conheciam algum tipo de recompensa, que o jogador faz um pagamento de 1,5 milhão de Nuyen, guarnecido após o ataque às indústrias Telestrianas com um pagamento de apenas 15.000 Nuyen. O jogador também poderia pedir o mesmo dinheiro prometido por Sam, uma posição como vice-presidente de segurança (tornando-o um homem da empresa Telestrian), a demissão de um determinado oficial ou a preservação de Touristville.
No epílogo após a última mensagem de Sam, o jogo revela que Aegis foi eventualmente desenvolvido em um produto chamado "Fluorescing Astral Bacteria-3", ou "FAB-3". De acordo com a história do jogo de caneta e papel em que Shadowrun Returns se baseia, a destruição da colmeia da Irmandade Universal de Chicago foi um fracasso e a cidade foi em grande parte selada atrás de um muro para manter os espíritos dos insetos furiosos dentro da cidade. FAB-3 é usado algum tempo depois para limpar Chicago de sua infestação por espíritos de insetos.
O ano é 2054. A magia voltou ao mundo, despertando criaturas poderosas de mitos e lendas. A tecnologia se funde com a carne e a consciência. Elfos, trolls, orks e anões caminham entre nós, enquanto corporações implacáveis sangram o mundo. Você é um Shadowrunner – um mercenário que vive à margem da sociedade, nas sombras de enormes arcologias corporativas, sobrevivendo dia após dia apenas com habilidade e instinto. Quando os poderosos ou os desesperados precisam de um trabalho feito, você o faz... por qualquer meio necessário.
O mundo único de cyberpunk e fantasia de Shadowrun ganhou um grande culto de seguidores desde sua criação, há quase 25 anos. Agora, o criador Jordan Weisman retorna ao mundo de Shadowrun, modernizando este cenário clássico de jogo como um RPG tático baseado em turnos para um jogador.
Com o Shadowrun Returns Editor, todos podem criar e compartilhar suas próprias histórias e campanhas com a comunidade Steam Workshop. Você pode até explorar toda a campanha Shadowrun Returns Seattle diretamente no Editor – veja como ela foi construída e pegue emprestado o quanto precisar para iniciar suas próprias criações! Nenhuma habilidade avançada de codificação ou arte é necessária para criar conteúdo usando o Editor SRR.