Dois anos após a batalha contra Onslaught, a paz no planeta Terra foi restaurada até que uma entidade misteriosa chamada Abyss envolveu a atmosfera com sua energia escura. Foi consumido dentro de uma esfera que o ser segurava perto de si; Com sua imensa força, ele passou por um deserto e a vida vegetal também foi arruinada. Um pirata conhecido como Ruby Heart descobriu a energia e alertou os heróis e vilões dos dois campos que lutavam entre si. Juntos, eles devem deter este novo inimigo antes que a Terra e o universo sejam destruídos pelo terrível poder do Abyss. No final da batalha, os heróis e vilões fazem uma trégua enquanto fazem um cruzeiro alegre na nave de Ruby Heart voando pelos céus da Terra; Ela segura o orbe na mão e o joga no mar, vendo assim o último Abyss e fechando a rivalidade entre Marvel e Capcom.
Marvel vs. Capcom 2: New Age of Heroes é um jogo de luta desenvolvido e publicado pela Capcom. É o quarto jogo da série de jogos de luta Marvel vs. Capcom. Com a quarta parcela desta série, a Capcom simplificou os controles do jogador para tornar a jogabilidade mais acessível ao público mais amplo de jogadores casuais. A configuração dos botões foi reduzida para 4 botões principais e 2 botões de assistência. O jogo também apresenta um sistema de combinação aérea diferente e tag 3 contra 3, em comparação com o tag 2 contra 2 dos jogos anteriores da série.