Em outubro de 1944, um grupo de comandos dos EUA se infiltra em uma ilha no Mar do Japão para extrair um cientista japonês com informações decisivas sobre a guerra. Eles protegem com sucesso o cientista japonês desertor que estava trabalhando em uma arma secreta com o codinome "A Arma Negra" (uma arma escalar) e tentam escapar da ilha em um submarino roubado. Mas após repetidos avisos do cientista, os comandos testemunham os efeitos do poder do Black Weapon e posteriormente morrem, gerando um mito sobre o que realmente aconteceu na Operação Aurora.
Atualmente, a Bad Company está em uma operação de contra-espionagem atrás das linhas inimigas na Rússia, na tentativa de proteger um indivíduo de alto valor das forças armadas dos EUA e um dispositivo relacionado a uma arma escalar. Apesar de escapar de soldados russos e completar o que eles pensavam ser sua missão final na empresa B, descobriu-se que o dispositivo era falso. Impressionado com suas atividades anteriores, o General do Exército Braidwood os designa para a Divisão de Atividades Especiais e os incumbe de entregar informações ao Agente Aguire, para grande decepção do Sgt. Redford.
A equipe viaja para a Bolívia em busca de Aguire. Por meio de muitos tiroteios com paramilitares, eles conseguem salvar Aguire pouco antes de um russo o puxar para um Mi-24 Hind que os espera. Depois de descobrir que as descobertas de Aguire foram roubadas pelos russos, Aguire solicita ao esquadrão que obtenha todas as suas informações detalhando a arma escalar de um satélite. O esquadrão sobe para subir a montanha com a ajuda de seu piloto Flynn e seu UH-60 Black Hawk. Depois de assumir o controle da estação de satélite, Sweetwater codifica o satélite para cair, com o esquadrão dirigindo pelo país para encontrá-lo, enfrentando Vodniks e Quad Bikes ao longo do caminho. Depois de chegar ao satélite, o esquadrão derrotou com sucesso um contra-ataque russo com o objetivo de destruir o satélite, mas logo o mau tempo chega. Enquanto Redford e Haggard vão encontrar transporte, com Sweetwater seguindo, Marlowe logo encontra a unidade de armazenamento de dados e começa a descer. a montanha durante uma nevasca, enfrentando patrulhas russas, e logo é extraído pelos outros no helicóptero de Flynn.
Durante a extração, Aguire informa o esquadrão sobre o homem responsável pela construção de uma arma escalar chamada Arkady Kirilenko; o coronel do exército russo que o esquadrão não conseguiu eliminar em Chukotka, que se acredita estar escondido no Chile. Marlowe e o esquadrão viajam para o Chile, onde, auxiliados por forças blindadas e fuzileiros navais dos EUA, encontram Kirilenko, embora ele logo escape depois que o Comando dos EUA começa a bombardear a posição de Kirilenko. Deixado apenas com os papéis do escritório de Kirilenko, Sweetwater descobre que há um manifesto de embarque para um navio perdido chamado "Sangre del Toro". Ajudado pelo resto do esquadrão para obter as coordenadas, Marlowe encontra a nave e recupera um composto sem nome essencial para o uso da arma, e descobre a verdade por trás da Operação Aurora.
Ao tentar encontrar Aguire na Colômbia, o helicóptero do esquadrão é abatido por um Javelin e eles se separam. Sweetwater e Marlowe se reagrupam primeiro, assumindo um contra-ataque da milícia, e logo encontram o resto do esquadrão. Depois de lutar em bases russas fortemente defendidas, o esquadrão encontra Flynn e corre para uma base de helicóptero em quadriciclos. Depois de lutar por territórios russos em um Black Hawk resgatado, o esquadrão chega ao encontro com Aguire, e Marlowe dá a Aguire o complexo, enquanto Redford exige saber o que está acontecendo. No entanto, Aguire enganou o esquadrão ao se aliar a Kirilenko, seu rival na busca pela arma escalar. Aguire queria vingança contra os Estados Unidos pelo que aconteceu com seu pai, um dos comandos no ataque original ao Japão, depois que Marlowe revelou que os militares americanos os enviaram insensivelmente para a morte. Apesar da aliança, Kirilenko trai Aguire e o mata. Flynn intervém e salva o esquadrão à custa de sua própria vida, seu helicóptero abatido por um RPG.
Ainda de luto pela perda de Flynn, o esquadrão ouve o rádio de um soldado russo, que o esquadrão usa para encontrar sua posição. Eles começam a se mover em direção a uma cidade, mas então Kirlienko começa a detonar a arma escalar. O esquadrão começa a avançar por uma cidade venezuelana, sendo atacado por tropas russas e milícias, junto com morteiros. No entanto, ao chegarem à foz de um grande rio, eles testemunham um grande tiroteio entre as tropas americanas e russas. No entanto, quando a luta atinge o clímax, a arma escalar detona, aniquilando as forças dos EUA e enviando "todos os técnicos mortos". O esquadrão então luta pela zona de explosão em busca de Kirilenko, mas, quando o esquadrão chega ao avião, um An-124 Ruslan (que Haggard erroneamente identifica como um An-225 Mriya), eles percebem que está decolando. O esquadrão vota por unanimidade que eles devem sequestrar o avião e partir pelos túneis de esgoto em direção a ele. Embora tivessem que se desfazer de suas armas, eles subiram a bordo pelo trem de pouso e aguardaram o amanhecer.
O esquadrão começa a p
Battlefield: Bad Company 2 traz a premiada jogabilidade de Battlefield para a vanguarda dos jogos de PC com o melhor combate veicular da categoria e inesperados "momentos de campo de batalha".
Novos veículos como o ATV e um helicóptero de transporte permitem novas táticas multijogador no campo de batalha. Com o sistema Destruction 2.0 habilitado para Frostbite, você pode derrubar edifícios inteiros e criar seus próprios pontos de incêndio abrindo buracos na cobertura. Você também pode competir em equipes de quatro jogadores em dois modos de jogo apenas de esquadrão, lutando juntos para desbloquear prêmios e conquistas exclusivos.
As batalhas acontecem em mapas extensos, cada um com um foco tático diferente. O jogo também traz o retorno do time B Company em uma campanha single-player mais madura.