Num futuro próximo, cientistas que trabalham para o poderoso conglomerado asiático conhecido como Igem descobriram uma nova fonte de energia. Recusando-se a partilhar a sua técnica com o resto do mundo, a Igem acabou por desenvolver uma máquina de controlo meteorológico chamada ONI, que pretendem utilizar com o propósito de dominar globalmente. Um esquadrão de pilotos de helicóptero, chamado Zero Gunner, é montado para destruir a ONI - mas Igem revida com tudo o que tem...
Zero Gunner 2 é um jogo de tiro de cima para baixo. Todos os cenários e veículos neste jogo são modelados em 3D, embora a jogabilidade siga principalmente as convenções dos jogos de tiro 2D. Como sua nave é um helicóptero, um recurso de "mirar e girar" foi adicionado, por meio do qual você pode girar sua nave para atacar um inimigo com mais eficiência ou, alternativamente, travar em um ponto específico no espaço e girar em torno dele enquanto ainda atira. Estas ações não são executadas automaticamente e são controladas pelo jogador; para ter sucesso, é fundamental dominar esse recurso.
Os habituais power-ups e batalhas contra chefes inimigos estão incluídos no jogo, junto com uma seleção de helicópteros para escolher.