Três anos após a destruição do portal Black Sun, os nazistas implantaram tecnologias avançadas que lhes permitiram virar a maré contra os Aliados. BJ Blazkowicz está perseguindo seu arquiinimigo General Wilhelm "Deathshead" Strasse, sabendo que se ele conseguir matar Deathshead, a máquina de guerra nazista ficará paralisada. No entanto, seus planos saíram pela culatra e Blazkowicz é mortalmente ferido e colocado em coma parcial. Depois de ser resgatado por um navio de pesca polaco e levado para um asilo na Polónia, onde se passam 14 anos, ele está a emergir para este mundo de trevas, dominado pelos nazis. Blazkowicz se arma mais uma vez e se propõe a reacender as chamas da rebelião e derrubar o regime nazista.
Wolfenstein: The New Order é um jogo de tiro de ação e aventura jogado na perspectiva de primeira pessoa. É a semi-sequência de Wolfenstein de 2009, porém utiliza muito pouco do jogo e descarta qualquer referência direta ao véu ou ao sobrenatural.
Para progredir na história, o jogador luta contra inimigos ao longo dos níveis. O jogo utiliza um sistema de saúde no qual a saúde dos jogadores é dividida em seções separadas que se regeneram; se uma seção inteira for perdida, o jogador deve usar um pacote de saúde para repor a saúde perdida. Em combate, um sistema de cobertura pode ser usado como auxílio contra os inimigos. O jogador tem a capacidade de se inclinar, por cima e por baixo, o que pode ser usado como uma vantagem tática durante tiroteios e níveis furtivos. O jogo oferece ao jogador uma ampla variedade de opções de armas – elas podem ser encontradas no solo, recuperadas de inimigos mortos ou removidas de sua posição estacionária e carregadas.