O jogo se passa em uma versão do planeta Filgaia da série Wild Arms, um lugar tão desolado a ponto de até seus mares serem de areia, supostamente resultado de uma guerra antiga. Quatro Drifters são escolhidos para exercer o poder dos protetores espirituais do planeta, os Guardiões, para impedir uma ameaça profetizada, mas desconhecida, ao seu mundo. Enquanto se aventuram juntos, eles enfrentam a oposição de outras equipes de Drifter, um trio de cientistas fanáticos chamados de Profetas e os Demônios da lenda de Filgaian. Os quatro aventureiros acabam fazendo descobertas surpreendentes sobre a verdadeira história de seu mundo e suas conexões pessoais com ele.
Os dois primeiros jogos da série Wild Arms atraíram atenção e aclamação ao trazerem o RPG clássico de console para o PlayStation original. Embora elaborado com o mesmo espírito de contar histórias, Wild Arms 3 (intitulado Wild Arms Advanced 3rd no Japão) apresenta grandes melhorias tecnológicas e uma série de novos elementos de jogabilidade. Apresentando gráficos no estilo de animação "sombreado por traços", uma configuração de "Velho Oeste" e um mecanismo de jogo totalmente 3D (não apenas para batalhas, como nos jogos anteriores), Wild Arms 3 foi projetado para fazer bom uso do poder do PlayStation 2.
Wild Arms 3 apresenta quatro personagens principais e leva tempo para permitir que os jogadores se familiarizem com cada um deles. Os "drifters" Virginia, Gallows, Jet e Clive são quatro aventureiros muito diferentes cujos caminhos se entrelaçam em direção a um destino compartilhado. Embora cada um tenha suas próprias motivações pessoais, todos os quatro buscam uma explicação de por que as outrora verdejantes terras de Filgaia se tornaram secas e estéreis. As diferenças devem ser superadas e os personagens devem agir em harmonia se quiserem realmente entender as antigas forças místicas em ação.
À medida que os vagabundos se movem pela terra desolada de Filgaia, eles são desafiados com uma série de mistérios a resolver e barreiras a superar. As diferentes habilidades especiais de cada personagem devem ser usadas para resolver diferentes partes dos complexos quebra-cabeças do jogo. Uma técnica apelidada de "comunicação expressiva" foi projetada para permitir que os jogadores avaliem rapidamente o humor e as emoções dos personagens na tela. Monstros, vilões e outras criaturas horríveis também se interpõem entre os vagabundos e seus destinos. O sistema de batalha baseado em turnos do Wild Arms 3 foi projetado para oferecer aos jogadores um nível intrincado de controle, permitindo táticas que fazem uso inteligente dos vários poderes e armamentos dos vagabundos enquanto apresenta o combate com um toque cinematográfico.
Wild Arms 3 oferece tudo o que os jogadores de RPG esperam: um enredo detalhado, masmorras intrigantes e um sistema de batalha único. Viaje junto com Virginia, Jet, Clive e Gallows e descubra o mistério por trás dos Profetas para reviver as memórias de Filgaia. Explore masmorras para desbloquear caminhos secretos e encontrar tesouros míticos. Os tiroteios Gun Blazing proporcionam intensas batalhas cinematográficas. Wild Arms 3 incorpora elementos testados e comprovados de um RPG clássico.