Ambientado nos últimos dias do verão de 1992, os jogadores investigam o desaparecimento de Lucas Fairfax, um menino da cidade rural fictícia de Kingdom, Virgínia. O jogo é vivido através dos olhos de Anne Tarver, uma agente especial graduada do FBI designada para seu primeiro caso. Como detetive novata, ela faz dupla com uma parceira experiente, Maria Halperin, a quem os superiores de Tarver instruem a ficar de olho. À medida que a história avança, a confiança um no outro é testada e a investigação toma um rumo sobrenatural.
Virginia é um drama interativo em primeira pessoa. É a história de uma agente do FBI recém-formada e seu parceiro enquanto procuram desvendar o mistério que cerca o desaparecimento de um menino. No berço da América nada é exatamente o que parece.