Kingdom Hearts Re:coded segue a história do Pato Donald, Pateta, Grilo Falante e Rei Mickey no Castelo da Disney após os eventos de Kingdom Hearts II. Jiminy Cricket estava tentando organizar o que é conhecido como Jiminy''s Journal depois de completar sua aventura com Sora quando notou uma linha que dizia "Obrigado Naminé". Olhando mais adiante, ele descobre uma mensagem no diário que não colocou lá, que afirma: "A dor deles será reparada quando você voltar para acabar com isso." King Mickey digitaliza o diário e o leva ao mundo simulado na esperança de descobrir mais. Ele desperta Data-Sora na versão digital de Destiny Islands e pede-lhe para reconstituir o conteúdo do diário na tentativa de descobrir a identidade daqueles que estão "feridos".
Kingdom Hearts Re: Coded é um remake de Kingdom Hearts Coded que foi lançado para Mobile, apenas no Japão. O jogo se passa após os eventos de Kingdom Hearts II, quando o Jiminy''s Journal (onde os eventos de Kingdom Hearts I e II são registrados) fica infestado de bugs. Para decodificar as informações do diário e depurá-las, Rei Mickey, Donald, Pateta e Grilo Falante as digitalizam. Com a ajuda de um Sora digital, recriado a partir do código do Diário, eles começam a explorar os Mundos do Diário para revelar o que está faltando.
Subir de nível e ganhar habilidades é feito instalando chips e desbloqueando habilidades de suporte e expansões de comando e acessórios na Stat Matrix. The Matrix também inclui Cheat Tuners que são usados para alterar elementos do jogo, como dificuldade do jogo, taxas de queda de itens, etc.
Além dos elementos regulares de Action RPG da série Kingdom Hearts, o jogo inclui elementos de jogabilidade de outros gêneros. Em alguns mundos ou batalhas contra chefes, a mecânica do jogo muda completamente. Alguns são níveis de rolagem lateral ou de tiro em terceira pessoa, e até mesmo RPG baseado em turnos.
Depois de atingir um determinado ponto do jogo, cada mundo pode ser revisitado para tentar obter pontuações mais altas, encontrar novas áreas e realizar algumas missões secundárias.