Visari se foi, mas a guerra está longe de terminar. As forças Helghast montaram um contra-ataque devastador, levando a ISA a evacuar o planeta Helghan. À medida que novos batalhões Helghast com armas mais poderosas aparecem, o ISA se encontra em desvantagem, desarmado e cercado. O jogador reassume o papel de Sev, um membro sobrevivente da unidade das Forças Especiais Alpha Squad, que deve lutar contra forças inimigas vingativas e impiedosas em uma tentativa desesperada de escapar vivo de Helghan.
Killzone 3 é o quarto jogo da franquia Killzone. Várias melhorias foram feitas em relação ao seu prequel, e podem ser vistas em uma jogabilidade geral mais suave e equilibrada. Como no jogo anterior, você comandará várias torres e veículos que aumentarão o poder de fogo, mas o deixarão com uma jogabilidade guiada por trilhos. Uma das novas armas é um jet-pack que permite pular e semi-voar com munição ilimitada como parte do novo exoesqueleto. Às vezes, o ambiente pode ser destruído ou usado a seu favor, disparar barris ou certas plantas eliminará soldados inimigos próximos. Além da campanha single-player, Killzone 3 oferece uma versão atualizada do multiplayer de Killzone 2. O jogo também é o primeiro da franquia a suportar TVs 3D.