Quando o mundo estava envolto em trevas, a Deusa de Mana sacou a Espada de Mana para destruir os oito Benevodons, monstros de destruição. Ela selou os horrores dentro das oito Pedras de Mana, trazendo o reino de volta à beira do abismo. Enfraquecida pela reconstrução do mundo, a Deusa transformou-se numa árvore e caiu num sono profundo durante muitos anos. No entanto, as forças do mal logo procuraram libertar os Benevodons para ganhar o controle do mundo. Eles começaram uma guerra terrível para promover o seu plano e desestabilizar os reinos. A paz estava no fim. A própria Mana começou a desaparecer do mundo e a Árvore de Mana começou a murchar...
Trials of Mana é um remake completo em alta definição do terceiro jogo da série Mana, anteriormente lançado exclusivamente no Japão em 1995 como Seiken Densetsu 3. Trials of Mana conta a história de seis heróis enquanto eles lutam contra os monstros de destruição que ameaçam um mundo onde Mana foi enfraquecido. Os jogadores podem personalizar seu próprio grupo de três, selecionados entre seis personagens únicos, para vivenciar histórias diferentes.