Na Black Friday, uma pandemia de varíola, transmitida por um vírus plantado nas notas, varre a cidade de Nova Iorque. A doença, conhecida como "Veneno Verde" ou "Gripe do Dólar", causa um caos generalizado e Manhattan é colocada em quarentena. O governo dos EUA ativa agentes adormecidos na população que operam para a Agência Estratégica de Defesa Interna, ou simplesmente "A Divisão", para ajudar as equipes de emergência, agora chamadas de Força-Tarefa Conjunta (JTF), na restauração da ordem. No Brooklyn, o protagonista, um agente da Divisão, auxilia a JTF antes de planejar partir para a zona de quarentena com a colega agente Faye Lau. No entanto, o VTOL que deveria levá-los até lá é destruído em uma explosão, matando o Comandante da Divisão e ferindo Faye Lau. Chegando em um helicóptero da JTF, os agentes da Divisão reivindicam o prédio dos correios James A. Farley como sua base de operações. A partir daí, os agentes realizam missões para resgatar pessoal importante, ajudar na restauração da base de operações à plena capacidade de trabalho e combater grupos criminosos, como os Rioters, bandidos de rua comuns em Nova York que geralmente querem aproveitar a quarentena, os Rikers, fugitivos de Rikers Island, e os Cleaners, trabalhadores malucos do Saneamento de Nova York que empunham lança-chamas e acreditam que todos estão infectados. No decorrer do jogo, o agente ajuda a resgatar pessoas importantes como a Dra. Jessica Kandel, o capitão Roy Benitez e Paul Rhodes. Esse pessoal chefia as alas Médica, de Segurança e de Tecnologia da base de operações, respectivamente. Os agentes também recuperam uma amostra de Veneno Verde. O estudo da amostra revela que o vírus foi fabricado e depois fortemente modificado por um controverso biólogo chamado Gordon Amherst.
Eventualmente, os agentes encontram imagens do agente da Divisão Aaron Keener se rebelando e matando outros agentes. Também é descoberto que Keener e outros agentes que se rebelaram junto com ele estão ajudando o "Last Man Battalion" (LMB), uma empresa militar privada traidora que foi abandonada pelo governo durante a evacuação, agora hostil a ele. Trabalhando juntos, estes dois grupos destruíram o VTOL e mataram o Comandante para enfraquecer as operações da Divisão em Nova Iorque. Interceptando um sinal do consulado russo, os agentes tentam resgatar Vitaly Tchernenko, um virologista russo que afirma ter informações sobre o Veneno Verde. No entanto, ele é sequestrado por Keener e pela LMB antes que a Divisão possa alcançá-lo. Depois de ajudar a JTF a garantir suprimentos e armas, a JTF e os agentes da Divisão lançam um ataque à base da LMB, a sede evacuada das Nações Unidas. O agente encontra imagens de Keener e seus colegas agentes desonestos abandonando o LMB, com Tcherneko como prisioneiro. O líder da LMB, Charles Bliss, tenta escapar em um helicóptero, mas o agente destrói o veículo, matando Bliss. Lau informa ao agente que com a maioria das ameaças destruídas ou enfraquecidas, Nova York está se aproximando da estabilidade, mas um sinal desconhecido leva o agente a um laboratório isolado. Lá, eles encontram os restos mortais do Dr. Amherst, tendo descoberto que ele morreu devido à exposição ao seu próprio vírus. Eles também encontram uma mensagem de Keener, mostrando que ele tem a tecnologia para fabricar uma nova cepa de Veneno Verde e pretende fazê-lo, e misteriosamente diz ao agente para explorar o centro de Manhattan, chamado de “Zona Negra”. O agente é informado de que as informações do laboratório irão promover o desenvolvimento de uma vacina e vê uma mensagem recuperada de Amherst. Na mensagem, Amherst revela que projetou o Veneno Verde como parte de seu plano ecoterrorista para dizimar a raça humana e preservar o planeta.
Depois que uma pandemia mortal atinge Nova York, cabe aos Agentes salvar o que resta. Complete missões, explore a Dark Zone e lute contra facções inimigas sozinho ou com 3 amigos. Experimente um final de jogo completo que oferece novos modos PvP e PvE.