O jogo é uma sequência direta dos dois jogos anteriores de Trails of Cold Steel, começando um ano e meio após os eventos de Trails of Cold Steel II. A história será centrada no personagem principal Rean Schwarzer, agora um professor militar, bem como seus alunos e o resto de seus amigos da escola militar das duas entradas anteriores, explorando notavelmente assuntos como a misteriosa origem do nascimento de Rean e o que outros têm feito desde os eventos dos jogos anteriores. O jogo também contará com aparições de Tita e Agate, personagens de Trails in the Sky, uma metassérie separada dentro da série The Legend of Heroes, bem como Tio e Randy, personagens de Trails to Zero.