Após o incidente no torneio anterior, o comandante da Equipe Ikari, Heidern, está determinado a descobrir o objetivo do cartel Nests para que possa impedi-los de alcançar sua ambição implacável. Um colega comandante e amigo de longa data de Heidern, chamado Ling, diz ao veterano lutador que K′ e Maxima já foram agentes da Nests e que podem ser a chave para localizar o paradeiro da misteriosa organização. Usando esta informação, Heidern decide concentrar seus esforços em usar o próximo torneio KOF como uma forma de atrair K'' e Maxima para que possam ser capturados e interrogados para contar às autoridades sobre o cartel Nests. Porém, sem que Heidern saiba, Ling tem seus próprios planos.
The King of Fighters 2000 apresenta um sistema de chamada de Striker aprimorado com o Active Striker System, que permite ao jogador chamar seu personagem Striker em qualquer situação, esteja ele atacando ou sendo atacado pelo oponente, permitindo-lhe utilizar seus atacantes em combos. Além disso, além dos numerosos personagens nostálgicos da SNK retornando como Another e Maniac Strikers, KOF 2000 dá as boas-vindas a novatos como Ramon, Vanessa, Seth, Lin, Hinako Shijo e Kula Diamond.