Capa

Um dia, o personagem do jogador conhece Dan Kuso, um dos Battle Brawlers, que lhe ensina as regras de uma luta contra Shuji. (você obtém um Serpenoid, um Juggernoid e um Saurus que correspondem ao atributo que você escolheu no início do jogo). Depois de ir à loja local e conhecer Alice, que sugere que o jogador lute com outros brawlers no parque para ganhar BP (Bakugan Points, a moeda do jogo), um estranho Bakugan chamado Leonidas cai do céu, que agora é o novo melhor amigo do jogador. (O atributo de Leônidas depende de qual atributo você escolheu). Leonidas é um Bakugan desconhecido e agressivo que foi criado por todo o ódio e raiva do Bakugan perdido preso na Dimensão Doom. Em várias lutas o jogador vai encontrar muita gente mas ao mesmo tempo um usuário de Darkus, cujo nome é Marduk, decide governar todos os Bakugan junto com Vladitor, outro Bakugan que aparece de repente.

Logo após Naga obter o Silent Core, os selos que mantinham Vladitor cativo na Dimensão Doom quebraram de repente e ele escapou da Dimensão Doom. No final de um torneio, quando Dan torna o jogador um Bakugan Battle Brawler oficial, é revelado que Marduk se aliou a Hal G, Masquerade e Naga para derrotar os Battle Brawlers e governar os mundos e os Bakugan. O jogador deve vencer o Ultimate Battle Tournament, derrotando também Dan, Runo, Marucho, Julie, Shun, Masquerade e um confronto 1 contra 1 com Omega Leonidas e Battle Axe Vladitor. Depois que o jogador vence, tanto Vladitor quanto Leonidas desaparecem, dizendo que têm pouco poder sobrando após a briga. Mais tarde, o jogador descobre que Vladitor deu a Leonidas seu poder restante, dizendo que ele merecia, deixando Leonidas presumindo que Vladitor "não era de todo ruim". O jogo termina com o jogador jogando Leonidas para o alto gritando: "Bakugan brawl!".