No final da década de 1970, os carismáticos Isaac e Rebecca Walker lideram a Missão de Justiça Coletiva. Rotulados como radicais e sentindo-se perseguidos pelo governo dos EUA, eles transferem os seus seguidores para o único lugar onde acreditam que podem criar uma utopia socialista: as selvas da América do Sul. Lá eles constroem Freedom Town. Mas os parentes deixados para trás nos EUA ficam preocupados: o que exatamente está acontecendo neste complexo na selva?
De Richard Rouse III e inspirado em eventos da vida real, The Church in the Darkness é um jogo de ação e infiltração que investiga os movimentos radicais da década de 1970. Como ex-policial, você decidiu entrar em Freedom Town e verificar o filho de sua irmã. Mas a vida em Freedom Town pode não ser o que parece.