Em Harry Potter e o Enigma do Príncipe, Dumbledore prepara Harry para a batalha final que ele sabe que está se aproximando rapidamente enquanto Voldemort está apertando seu domínio sobre os mundos trouxa e mágico. Juntos, eles trabalham para encontrar a chave para desbloquear as defesas de Voldemort e, para isso, Dumbledore recruta seu velho amigo e colega, o bem relacionado e desavisado bon vivant Professor Horace Slughorn, que ele acredita ter informações cruciais sobre o poder de Voldemort.
Harry Potter e o Enigma do Príncipe apresenta a exploração de Hogwarts e o lançamento de feitiços em objetos ao redor da escola, semelhante ao seu antecessor. O jogo também inclui jogos multijogador, aulas, diferentes horários do dia, quadribol, duelos de magos e preparação de poções. O Mapa do Maroto está incluído no jogo, com o progresso abrindo outras partes da escola. Harry também pode ligar para Nick Quase Sem Cabeça para mostrar a escola a ele. Harry é o principal personagem jogável do jogo, mas Ron e Ginny também estão disponíveis em dois níveis.