Em Marte, no ano de 2080, cinco anos após os eventos da Red Faction, a nanotecnologia desenvolvida por Axel Capek, o cientista-chefe da Ultor Corporation antes de sua queda, foi reivindicada pela Earth Defense Force (EDF). Com esta tecnologia, a EDF inicia uma reorganização da Ultor Corporation com foco particular em supersoldados aprimorados e armamento adequado. No entanto, a investigação realizada por Capek nos seus laboratórios foi consequentemente roubada por outros grupos militantes e diversas organizações terroristas. Isso vem acontecendo há anos; a pesquisa mudou de mãos muitas vezes no submundo do crime. O jogador é apresentado ao seu papel de especialista em explosivos (codinome "Alias") ao embarcar em uma missão de operações especiais para reivindicar os dados de pesquisa para a República da Commonwealth.
Eventualmente, a pesquisa é reivindicada com sucesso pelas forças de elite de Victor Sopot, Chanceler do estado militar distópico conhecido como Commonwealth. Sopot usa a nanotecnologia para aprimorar suas já formidáveis forças militares e cria com sucesso os primeiros supersoldados com os dados da pesquisa. No entanto, temendo o potencial de seus novos supersoldados, ele ordena que todos sejam caçados, executados e substituídos por horrores mutantes, muito menos inteligentes, conhecidos como "Os Processados". Traídos coletivamente por seu líder, o esquadrão do jogador foge para o subsolo e se alia à Red Faction como mercenários. A Facção Vermelha, neste ponto da história, é um movimento de resistência organizado que se opõe fortemente ao governo de Sopot e aos princípios políticos distorcidos da Commonwealth. O esquadrão eventualmente persegue Sopot e neutraliza toda a oposição em seu caminho enquanto a Facção Vermelha leva o conflito às ruas em um levante conjunto contra o governo da Commonwealth. Durante os estágios iniciais do jogo, a Red Faction e o esquadrão apoiam-se mutuamente à medida que superam objetivos comuns, como sabotar instalações de propaganda. A revolta culmina com a captura bem-sucedida de Sopot em seu silo de mísseis e sua execução.
Alias retorna à base improvisada de operações apenas para descobrir que todos os membros da resistência da Red Faction presentes foram brutalmente massacrados. O líder do esquadrão, Molov, observa que com Sopot morto e com a pesquisa nanotecnológica em sua posse, as forças militares da Commonwealth juraram lealdade a ele voluntariamente. Ele declara Alias e Tânger, um colega de esquadrão, como inimigos do estado por apoiarem a Facção Vermelha. Tânger ajuda Alias a escapar e, logo após fugir para um local seguro, Alias presta ajuda aos membros sobreviventes da Facção Vermelha que estão se defendendo do inimigo. Alias e Echo, outro membro do esquadrão, se encontram em um local secreto para discutir uma estratégia alternativa para deter Molov, e Echo é morto em combate durante um tiroteio com Quill, um ex-membro do esquadrão. Tânger transmite Alias pela rádio logo depois, e os dois concordam em fechar o laboratório de nanotecnologia confiscado por Molov, localizado dentro da estátua colossal de Sopot. Dentro do laboratório, Alias triunfa sobre Repta, um ex-membro do esquadrão, e destrói os geradores de energia do laboratório de nanotecnologia. Os explosivos de Alias enfraquecem a base da estátua e a tornam instável. Alias encontra Repta novamente e mais uma vez triunfa sobre ele, fazendo com que o campo de energia dentro de Repta atinja massa crítica.
Alias e Tânger se encontram e perseguem Molov, que está escalando a estátua de Sopot com a célula nanotecnológica - o ponto culminante da pesquisa de Capek - e aguardando a extração de Shrike, subordinado de Molov. Shrike trai seu comandante e Tânger consegue recuperar a célula nanotecnológica da posse de Molov. Molov, desesperado para eliminar seus inimigos, sobe a bordo de uma armadura de batalha próxima e lança um ataque frenético contra Alias. Usando o ambiente destrutível a seu favor, Alias consegue escapar do fogo de Molov e lança um contra-ataque que não apenas mata Molov, mas também destrói a estátua. À medida que a estátua desmorona, Shrike avança com sua nave de apoio aéreo aproximado para extrair Alias. A partir deste ponto, a história termina de uma das quatro maneiras possíveis, dependendo da pontuação de Heroísmo do jogador.
Em Red Faction II você terá que defender seu país como Alias, um especialista em demolições, com a ajuda de seus cinco membros do esquadrão, cada um especializado em seu próprio método de destruição. Lute em diversos níveis usando veículos, um arsenal de armas especializadas e enormes explosivos em sua fúria para derrubar o governo.