Atelier Meruru Plus: The Apprentice of Arland adiciona novos elementos de desenvolvimento de terrenos ao sistema de jogo de RPG e simulação, fornecendo profundidade e jogabilidade adicionais nesta aventura no estilo anime. Além disso, conteúdo e recursos extras são incluídos, incluindo novos trajes, novos finais e todos os DLCs da versão PS3.
Um ano após os eventos de Atelier Totori: The Adventurer of Arland, a história começa no Reino de Arls, uma pequena nação no extremo noroeste da República de Arland. O pitoresco reino carece do maquinário altamente desenvolvido e da alquimia de uma nação maior, mas ainda assim está prestes a se juntar à República. No entanto, muitos obstáculos devem ser superados primeiro.
Para minimizar as críticas dos partidos de oposição, Arls propõe um projeto de desenvolvimento para aumentar sua influência. Para começar, vários aventureiros habilidosos são enviados de Arland para Arls, incluindo o alquimista Totori Helmold, a estrela do Atelier Totori. Meruru, princesa de Arls, manobra para se tornar a aprendiz de Totori com aspirações de se tornar uma alquimista por conta própria.
A missão de Meruru é desenvolver seu reino antes que Arls se torne parte de Arland. Contando com a ajuda de seus amigos, Meruru irá sintetizar, explorar, construir e batalhar para fazer um reino maior e melhor.