O modo aventura do jogo cobre os capítulos 245 a 450 do mangá original. O capítulo 245, além de liderar o início de um novo arco de história, também marca o início do chamado arco mitológico da "Parte II", adaptado na televisão como Naruto: Shippūden. A história principal focada em Naruto Uzumaki é contada em 8 capítulos, incluindo uma seção de prólogo. Limpar todos eles desbloqueia um capítulo de "fragmento" adicional detalhando a captura fracassada de Killer Bee por Taka, baseado em vários capítulos de mangá não consecutivos de 404 a 417.
Conduzindo os jogadores através do arco de história de Naruto Shippuden, ousados guerreiros ninja devem recrutar estrategicamente os personagens de apoio certos para garantir a vitória contra todo e qualquer oponente. Com a combinação vencedora, os jogadores podem facilmente usar Técnicas Especiais de Equipe maiores e mais explosivas para destruir os inimigos que estiverem no caminho.