Survive ocorre durante uma linha do tempo alternativa imediatamente após a conclusão de Ground Zeroes, com Big Boss deixando para trás uma Base Mãe destruída – bem como um grupo de soldados que agora estão presos nos restos mortais.
Um buraco de minhoca se abre e os transporta para uma versão deserta e transformada do cenário do Ground Zeroes, atormentado por criaturas perturbadoras que foram biologicamente danificadas durante a mudança no tempo.
Numa luta para permanecerem vivos neste terreno agreste cheio de criaturas mortais, os soldados que anteriormente estavam na Motherbase agora devem trabalhar cooperativamente para sobreviver.