Depois de completar sua pesquisa proibida no Double Gear System, o malvado Dr. Wily transformou robôs antes pacíficos em seus capangas destrutivos! No entanto, a história do Double Gear System é mais do que parece. Originalmente projetado para levar os robôs além de suas limitações, o dispositivo de Wily foi considerado muito perigoso e sua pesquisa foi interrompida. Relembrando o incidente anos depois, Wily completou seu dispositivo e agora busca vingança. Com nada além do protótipo Double Gear do Dr. Light, Mega Man tem a força necessária para encerrar sua rivalidade?
A série clássica dá um salto na apresentação visual em Mega Man 11 com uma direção de design 2.5D apresentando personagens e ambientes lindos e totalmente desenhados à mão. Um Mega Man recentemente redesenhado enfrenta as máquinas frenéticas do Dr. Wily, derrotando chefes Robot Master e pegando suas armas, em uma luta em constante evolução pela justiça com novos e exclusivos designs de inimigos.