Machinarium abre com uma visão geral da cidade de mesmo nome enquanto um panfleto de descarte é lançado de sua torre mais alta. O personagem do jogador, um robô chamado Josef, é jogado em um ferro-velho, onde se recompõe e parte para a cidade. Entrando na cidade, ele descobre uma conspiração da Irmandade do Chapéu Preto, seus três antagonistas bandidos, para explodir a torre da cidade.
Machinarium é um premiado jogo de aventura independente desenvolvido pelos criadores de Samorost e Botanicula. Um pequeno robô que foi jogado no ferro-velho atrás da cidade deve retornar e enfrentar a Irmandade do Chapéu Preto e salvar sua amiga robô.