À medida que a Guerra Keyblade termina e os corações dos caídos ascendem a Kingdom Hearts, Luxu observa de longe em silêncio com a Caixa Preta ao seu lado enquanto usa o Olho Gazing para transmitir os eventos ao Mestre dos Mestres.
Na Torre Misteriosa, não muito depois da ressurreição do Mestre Xehanort, Riku, Kairi e o Rei Mickey estão tendo uma audiência com o Mestre Yen Sid. Yen Sid explica que para enfrentar Xehanort, eles precisarão reunir as Sete Luzes, entre aquelas que incluem os três Keyblade Wielders que tiveram um destino terrível há mais de uma década. A pedido de Yen Sid, Mickey conta a Riku e Kairi sobre quando encontrou Aqua no Reino das Trevas.
A história começa onde o episódio secreto de Kingdom Hearts: Birth by Sleep Final Mix terminou, com Aqua descobrindo o Castelo dos Sonhos dentro do Reino das Trevas. Sentindo algo suspeito, Aqua corre em direção ao castelo, rechaçando repetidos ataques de Heartless ao longo do caminho. Porém, ao se aproximar do terreno do castelo, o relógio da torre do castelo avança, fazendo com que o terreno desmorone.
Aqua entra na cidade próxima para encontrar cinco Gears que irão voltar no tempo e restaurar o terreno. Ao localizar os Gears e ativá-los, Aqua experimenta flashbacks de seu tempo no Reino da Luz. Depois de reviver o caminho para o castelo, Aqua segue em frente, mas é abordada por um grande enxame de Sombras conglomerando-se em uma Torre Demoníaca, que ela repele com sucesso. Entrando no castelo, ela avista o que parece ser Terra. Quando ela se aproxima dele, porém, a aparição desaparece na luz. Aqua relembra solenemente seu passado com seus amigos antes de prosseguir.
Uma curta sequência de Kingdom Hearts: Birth By Sleep que ocorre parcialmente durante os eventos do primeiro Kingdom Hearts, Uma passagem fragmentária recebe o nome de um final oculto para BBS e conta a história da jornada de dez anos do Mestre Aqua através do Reino de Escuridão. 0.2 atua como um prólogo para o próximo Kingdom Hearts III, e também como uma demonstração da travessia, combate e gráficos de Kingdom Hearts no Unreal Engine 4, conforme aparecerá no KH3. Este jogo só pode ser jogado como parte da coleção Kingdom Hearts 2.8: Final Chapter Prologue.