Assim como Jak and Daxter: The Precursor Legacy, o jogo começa com um discurso de Samos Hagai. Jak, Daxter, Samos e Keira estão no processo de ativar o Rift Rider, o dispositivo precursor escondido atrás da grande porta no final do Precursor Legacy, e seu portão de fenda que o acompanha. Quando o portão é ativado, uma grande figura sai, acompanhada por um enxame de criaturas. Jak entra em pânico e ativa o Rift Rider, impulsionando o grupo através do portão. Enquanto eles viajam pela fenda, o cavaleiro é destruído. O grupo sai da fenda e se separa, embora todos se encontrem em Haven City. Jak e Daxter pousam e são imediatamente identificados por uma patrulha da Guarda Krimzon, liderada pelo Capitão Erol. Jak é levado sob custódia, pois Daxter promete resgatá-lo (veja os acontecimentos de Daxter). Dois anos depois, Jak está na Fortaleza, onde foi alvo de um programa de supersoldados. Seu corpo foi infundido com eco escuro. Erol e o Barão Praxis estão lá. Eles declaram o ''Programa Dark Warrior'' um fracasso. Eles vão embora, no momento em que Daxter aparece para resgatar Jak. Enquanto Daxter mexe com as restrições, Jak se transforma no objetivo final do Programa Dark Warrior, Dark Jak. Ele rompe as amarras e volta ao normal, após falar suas primeiras palavras: "Vou matar Praxis!" A dupla então escapa da fortaleza para Haven City.
Jak II é uma plataforma de mundo aberto, jogo de tiro em terceira pessoa e ação e aventura. Assuma o papel de Jak e Daxter enquanto explora Haven City, uma distopia governada pelo Barão Praxis e seus agentes da lei da Guarda Krimzon e muito mais! Troque as armas e lute para avançar!