O jogo começa com Jak e Daxter sendo banidos para Wasteland pelo tirânico Conde Veger por supostos crimes contra Haven City. Ashelin, que se opõe ao banimento, dá um farol a Jak antes de partir e diz a ele para "permanecer vivo". Enquanto viajam pelo deserto, flashbacks revelam que Haven City está em guerra entre a Liga da Liberdade e os Metal Heads sobreviventes e seus aliados, os KG Death Bots. O Palácio é então destruído por uma força desconhecida. Enquanto Jak, Daxter e Pecker perdem a consciência, eles são resgatados por um grupo de moradores do deserto, que os levam de volta para Spargus City.
Acordando em Spargus, o Rei Damas diz que Jak deve conquistar seu lugar na civilização provando ser um guerreiro tanto nos desafios da Arena quanto servindo a cidade, a quem sua "vida agora pertence" por ter sido resgatada. Suas missões envolvem a recuperação de artefatos após tempestades de areia, corridas em busca de buggies e lagartos Leaper para atualizações, cristais ecológicos e buggies, captura de ratos Kanga em um lagarto Leaper e vários outros trabalhos estranhos na cidade oásis. O mais importante entre esses eventos é que Jak recebe habilidades Light Eco para equilibrar a escuridão interior, concedidas a ele no templo Precursor por um oráculo que acredita que Jak é a última esperança para a civilização. Esses poderes incluem habilidades de retardar o tempo, poderes de cura, habilidades de escudo e até mesmo vôo. Ao longo do caminho, Jak faz amizade com o Monge Precursor, Seem, e com o proprietário de uma garagem de buggy, Kliever – que inicialmente não gosta dele até que ele ganhe a confiança deles com o tempo. Durante uma das missões de Damas no deserto, Jak é encontrado por Ashelin, que revela que sabia que Damas o encontraria, pois sabia que ele verificaria seus antigos faróis. Ela se recusa a contar a ele como conhece Damas e então implora a Jak que volte para Haven City para defendê-la dos Metal Heads e dos novos Krimzon Guard Deathbots. Ainda amargurado por ter sido exilado, ele se recusa a retornar. Ashelin o abandona, mas mais tarde, após descobrir o que o malvado Conde Veger tem reservado para seus amigos, Jak muda de ideia e faz a viagem de transporte para Haven City. Jak e Daxter ajudam a reunir a resistência em Haven, que está dividida devido às barreiras colocadas pelos inimigos, e dão-lhes esperança de que possam derrotar os Metal Heads e Deathbots.
Jak 3 é um jogo de plataforma desenvolvido pela Naughty Dog para o console PlayStation 2 da Sony. O jogo é a sequência de Jak II e o terceiro da série. O jogo apresenta novas armas e dispositivos, novas áreas de jogo e um enredo que continua após os eventos dos jogos anteriores. Assim como nos demais jogos da série, o jogador assume o duplo papel dos protagonistas recorrentes Jak e Daxter.